| 1994年シーズンよりJリーグに参入。日本代表監督であったオフト氏を監督として迎え、新しいスタートを切ることになった。元オランダ代表のファネンブルグ、元イタリア代表でW杯得点王でもあるスキラッチ、ブラジル代表主将のドゥンガといった大物外国人をチームに加入させる一方で、藤田、名波、服部、田中、奥といった有望な若手選手を獲得。さらには、当時は無名選手だった福西、鈴木の才能を開花させた。96年には４位という結果をおさめ、優勝争いができるチームの基盤を作った。
97年は新監督に名将フェリペが就任。シーズン途中で監督を辞したが、勝利に対する執着心を植え付けることに成功し、後を引き継いだ桑原監督代行が選手達をまとめあげ見事Jリーグ初制覇を果たした。99年には２度目のJリーグ制覇を達成する。
2001年は年間で史上最高勝率でシーズンを終えるが、チャンピオンシップで鹿島に敗れ、年間王座の地位を奪回できなかった。年間で３敗しかしていないチームが優勝できないという２ステージ制の矛盾点を明確にした。2002年は前年の苦い経験を糧とし、両ステージ制覇という偉業を達成。また、高原が史上最年少で得点王を獲得した。
2003年は連覇が注目されたが、高原の移籍、シーズン途中で藤田が移籍し、その穴を完全に生めることができず、両ステージともに２〜３位で終了。しかし天皇杯ではジュビロ磐田として初めて優勝。シーズンラストのタイトルを獲得した。2003年は成岡、菊地、河村など今後のジュビロに欠かすことのできない選手たちが成長し、2004年に期待をもたせた。
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